恩杂鲁胺在临床研究中，患者最常发生的不良反应为虚弱/疲乏、背痛、腹泻、关节痛、潮热、外周水肿、肌肉骨骼痛、头痛、上呼吸道感染、肌无力、头晕、失眠、下呼吸道感染、脊髓压缩和马尾综合征、血尿、感觉异常、焦虑以及高血压。

恩杂鲁胺组患者47%发生≥3级不良反应，这一比例在安慰剂组为53%。 在这项随机临床试验中，0.9%的恩杂鲁胺组患者曾出现癫痫样发作，而安慰剂组未见这一现象。出现癫痫样发作的患者永久停止治疗，癫痫样发作均消除。有癫痫病史、服用可降低癫痫阈值的药物、或有其他癫痫危险因素的患者均被排除在之外。鉴于使用恩杂鲁胺伴随癫痫风险，应告知患者可能因突然丧失意识而导致严重伤害的风险。